La sezione di marineria segue un percorso tematico che coniuga, da un lato, una prospettiva attenta alle caratteristiche tecniche delle imbarcazioni e della loro costruzione, dei modi e delle forme del navigare; dall'altro, la dimensione etno-antropologica dell'esperienza secolare dell'andare per mare e dei mondi di vita di cui si fa espressione la comunità marittima, entrambe  indispensabili a una comprensione esaustiva della della cultura materiale e immateriale delle "genti di mare". La sezione prende avvio con la nascita del porto e lo sviluppo della contieristica locale, l'attrezzistica e gli strumenti di navigazione, le vele al terzo e la loro ricca simbologia e produzione, la vita a bordo e la religiosità, gli attrezzi e le tecniche di pesca, fino all'avvento del motore. Lungo il percorso modelli di grandi dimensioni dei principali tipi di barche della marineria tradizionale adriatica, che nei cantieri cattolichini raggiunse alcune delle sue vette più alte, accompagnano i visitatori guidandoli alla conoscenza di un artigianato complesso e unico. L'approdo naturale alla foce del Tavollo, che scavi recenti hanno rivelato di straordinaria valenza storico-archeologica, la nascita del porto e le sue trasformazioni costituiscono lo sfondo dell'intera narrazione.